Спасибо за замечания и вопросы! Кое-что постараюсь прояснить.

>>По поводу «…системности или независимость модели от способа ее реализации»: Во-первых, зачем у вас между «системностью» и «независимостью» стоит «или», хотя более природосообразным является «и». Я бы поставил именно «и»

Более однозначно было бы сказать: "Эта системность или, другими словами, независимость модели от способа ее реализации...". Т.е. независимость от способа реализации тут - не дополнение понятия системности, а ее критерий: системно то, что не зависит от способа реализации. В самом деле, теоретическое описание системы причинно-следственных взаимодействий - то общее, минимально необходимое для описания системы, что может реализоваться множеством способов, в зависимости от материала компонентов, условий и т.п.

>>Это похоже на то, что если у вас есть уже купленная ткань, то из неё сшиваются множество форм и видов одежды, которая хранится в вашем гардеробе.

Если описать систему покроя форм и видов одежды, то ее можно реализовать во множестве различных видов тканей, подходящих для такой реализации.

Но в программировании есть более общее понятие: описание и объект. Описание, в виде, например, синтаксиса класса, в общем виде задает какое поведение должно быть у объекта в различных условиях и ситуациях, задает неотъемлемые свойства. В работающей программе на основе описание создается какое-то количество (параллельно или последовательно существующих) объектов, которые уже занимают выделяемую им память и реализуют свои свойства.

>> Франческо Реди (1626 –1697) - итальянский врач, был первым, кто показал, что живое не может рождаться из неживого.

Тут все зависит от того, как именно определить слово "живое". Если его определить, что живое - только то, что сотворено не человеком, то да, утверждение Реди, вроде бы, верно потому, что человек вполне может сотворить железную модель того, что будет обладать всеми формальными признаками живого, в том числе - создать искусственный разум. Тут беда в том, что неопределенно даже то, что такое человек. Инопланетянин, вроде бы не человек, но может быть по возможностям создания намного превышать человека. В общем, в таких утверждениях не выполняется самое главное: они не корректны потому, что в них неопределенны используемые понятия. Зато они красиво звучат и как бы очевидны с точки зрения "здравого смысла".

>>На мой взгляд, человек нуждается в сознательной коадаптации в отношении не только к внешней среде, но и к среде внутренней 

Это - совершенно правильно: в том числе и внутренней.

Да, непроизвольное внимание в виде "ориентировочного рефлекса", а затем и произвольное внимание - принципиальная основа психической организации. Об этом последовательно и подробно изложено в описании конкретных механизмов.

>>вопреки традиционной пространственной парадигме причинного анализа массовых болезней с неизвестной этиологией, я сделал вывод, что общепринятая методология может быть также субъективной и, в конце концов, уступить место новой методологии.

Если говорить о парадигме, т.е. понятии, введенном мистическим философом Т.Куном, то да: как бы существует множество авторских концепций, которые эволюционируют. Представления о парадигме опроверг основатель классической научной методологии И.Лакатос (про это). На самом деле научная методология опирается на системы аксиоматики предметных областей, которые опровергнуть принципиально невозможно, а можно лишь расширять границы описания (ну как классика Ньютона расширена до СТО). Поэтому принципы научной методологии как раз и предназначены для того, чтобы отсеять неадекватную реальности субъективность (как именно - об этом).

>> «критерием безупречности» могут быть только результаты природосообразной практики 

А эмпирические данные тоже необходимо корректно обрабатывать, чтобы оценить ошибки и верифицировать результат, для этого существует целая система последовательности формирования модели явлений и их формализации до уровня общепризнанной аксиомы.

Он обучался языку во взрослом состоянии, а не в раннем детстве, а, значит, использовал механизмы осознанной произвольности, а не просто рефлексы. Хотя в результате трудно отличить в проявлениях автоматизмы, наработанные сознательно и рефлекторные (если специально не исследовать их такие качества как длительность поддержки). У человека применяемая речь - тоже автоматизм, не требующий осознания и мышления.

>>Атланты рассказывают, что он часто пользовался этим языком для общения с сотрудниками, но стеснялся к нему прибегать в общении с незнакомыми людьми.

Это - уже говорит о том, что использовались субъективные модели, а не просто рефлексы.

>>> веденном мистическим философом Т.Куном, то да: как бы существует множество авторских концепций, которые эволюционируют. Представления о парадигме опроверг основатель классической научной методологии И.Лакатос 

Тут что-то от и до неверное написано, по-моему. Лакатос развивал идеи Поппера, Кун никогда не был мистическим философом. И Поппер, и Лакатос, и Кун - все были знакомы между собой. Фейерабенд, который много общался и дискутировал с Лакатосом, в шутку называл его другом анархистом, как раз из-за риторической возможности расширения его взглядов до анархизма в науке. Лакатос так же подвергался критике с позиций других философских методологических школ.

К современной методологии науки никто непосредственно не относится, нет вообще никакой единой методологии и многократно было показано, что такой единообразный подход может быть вреден. Тема  открыта по сей день.

>>> На самом деле научная методология опирается на системы аксиоматики предметных областей, которые опровергнуть принципиально невозможно, а можно лишь расширять границы описания (ну как классика Ньютона расширена до СТО

Я не могу точно сказать о Лакатосе. Но этот взгляд совершенно точно раскритикован другими философами науки. Я очень удивлюсь, если Лакатос его придерживается. Тк это инструментализм.