|
|
|
|
|
| ||
| физиология, медицина | ||
| 18.12.2010 | Трансгенные(генно модифицированные) продукты. Вред или бред? LUCA О том, насколько оправданы ходящие по умам представления - с рук профессионала молекулярной биологии. | |
| Молекулярная биология | ||
| 07.01.2012 | Первые варианты генетического кода LUCA В статье приводится модель первых вариантов кодируемого пептидного синтеза. Данная модель учитывает широкий спектр данных: наличие наиболее простых в биохимическом отношении аминокислот, возможность абиогенного синтеза этих аминокислот, статистические данные полуконсервативных и консервативных мотивов тРНК, возможность кодирования белков на комплементарных цепях РНК, защита от сдвига рамки считывания, GC-богатость последовательностей РНК. | |
| 05.01.2012 | Размеры геномов в РНКовом мире и мутационный фон. LUCA Описываются причины ограниченности размера геномов в мире РНК. Предполагается, что предельный размер значащей части генома в РНК и РНК-белковом мире был недостаточен для обеспечения всех метаболических реакций белковыми и РНК-ферментами. Рассматриваются способы, которыми в РНК-мире стало возможным увеличить значащую часть генома. Существенную информацию по этому вопросу дают нам современные РНК-вирусы. | |
| 03.05.2011 | Об одной странной температурной закономерности LUCA Странным образом большинство ферментов живых организмов работают лучше всего при двух температурах - 37 и 55 градусов цельсия. Эта двухпиковость температурного оптимума характерна для различных групп живых организмов, независимо от их температурного оптимума их проживания. | |
| 29.04.2011 | Как мог выглядеть архаичный метаболизм? LUCA Проведён сравнительный анализ моделей, рассматривающих первые архаичные пути фиксации углерода | |
| 17.03.2011 | Минеральные корни современных ферментов. LUCA В рамках гипотезы происхожения активного центра многих древних ферментов из минеральных предшественников рассматривается и анализируется структура современных неорганических металл-серных компонентов современных ферментов. Макинавит ([Fe>>Ni)S]), грейгит (NiS2[Fe4S4]S2Fe), виоларит и другие минералы, были связаны простейшими органическими лиганднами (например, тиолами) и обеспечили катализ ключевых реакций архаичного метаболизма. На более поздних стадиях простые органические лиганды были заменены пептидами. | |
| 27.02.2011 | Что было первым: метаболизм или ген? Могла ли жизнь начаться как циклическая химическая реакция неполимерных молекул? LUCA Данная статья во многом разъясняет идеологию ряда моих автопубликаций, посвящённых наиболее ранним этапам возникновения жизни. Противопоставляются две основные модели: 1) первичности реплицирующейся полимерной молекулы (гена), возникшей в условиях первичного бульона; 2) первичности автотрофных автокаталитических сетей реакций малых органических молекул, катализируемых минералами и самими малыми органическими молекулами в условиях отсутствия богатого органическими веществами первичного бульона. Важнейшим утверждением, носящим гипотетический характер, является постулирование того, что система "рибонуклеотидные автокаталитические сети", включавшая древний прообраз восстановительного цикла трикарбоновых кислот и (или) фиксацию через древний прообраз ацетил-коэнзим А пути, представляла собой древнейшую живую систему, которая предшествовала появлению кодируемого пептидного синтеза. Переход к полимерному РНК-геному проходил через стадию олигорубонуклеотидного мира, в котором рибонуклеотидные кофакторы и очень короткие цепочки РНК (предположительно ди- и триммеры) играли ключевую роль в метаболических сетях как катализаторы и ключевые компоненты «конформационного генома». | |
| 27.02.2011 | Статья-гид по происхождению жизни LUCA Данная статья имеет цель упорядочить все мои публикации, посвящённые происхождению жизни и кратко резюмировать основные положения, связанные с данным вопросом. | |
| 23.02.2011 | Автотрофное термофильное происхождение жизни. LUCA В гидротермальных источниках (в первую очередь щелочных белых курильщиках) в древнем океане, как и в настоящее время, существует очень крутой температурный, химический и электрохимический градиенты, которые могли стать движущей силой первых метаболических цилков способных к связыванию диоксида углерода. Поровые железо-серные структуры в щелочных гидротермах могли служить первыми мембранами, ограничивающими циклические реакции, и выполнявшими каталитические функции по превращению веществ в этих первых ЖС, и поддержанию и преобразованию электрохимического градиента между кислым океаном и щелочными флюидами, ставшего одним из первых непосредственных источников энергии. Проанализированы известные реакции, протекающие в щелочных гидротемах и возможность их превращения в эволюционирующие метаболические сети. | |
| 22.01.2011 | Самое обоснованное утверждение, касающееся происхождения жизни - первичность молекул РНК по отношению к ДНК и сложным белкам LUCA В статье суммированы основные известные автору доводы в пользу того, что полимерные молекулы РНК в живых системах возникли до возникновения молекул ДНК и кодируемого пептидного синтеза по крайней мере в современном его варианте. | |
| 13.01.2011 | Реликтовые составляющие современного метаболизма. С чего он мог начаться? LUCA Проанализирована блочная схема современного метаболизма, в которой вычленены предположительно наиболее древние части. | |
| 08.01.2011 | Древний дублетный генетический код был предопределён путями синтеза аминокислот LUCA В генетическом коде кодоны с общим первым нуклеотидом кодируют аминокислоты со сходными путями биосинтеза, а с общим вторым нуклеотидом - сходны по гидрофильности-гидрофобности. Этот поразительный факт может быть объяснён моделью биосинтеза древних аминокислот с помощью динуклеотидных катализаторов. Данная модель также объясняет возможность специфического безбелкового аминоацилирования древних тРНК. | |
| 06.01.2011 | Молекулярные механизмы обеспечения вырожденности кода. LUCA Кратко описаны молекулярные механизмы обеспечения вырожденности генетического кода. Показано, что без модифицированных оснований существующий порядок вырожденности не мог быть обеспечен, что подчёрнкивает важность такого рода оснований на средних и поздних стадиях формирования ГК. Показано, что только кодоны, заканчивающиеся на G, могут быть уникальными, то есть не кодировать эту же аминокислоту при изменении окончания кодона. | |
| 06.01.2011 | Правило Лагерквиста. Физико-химическое обоснование симметрий и соотношений Румера. LUCA Сформулировано правило Лагерквиста, из которого вытекают симметрии и соотношения Румера. Показано, что выполнение правила Лагерквиста обеспечивается особыми взаимодействиями второго основания кодон-антикодоновой пары, приводящее к стабилизации взаимодействия тРНК с мРНК. | |
| 02.01.2011 | Древние тРНК с комплементарными антикодонами кодировались комллементарными РНК-парами. LUCA Усреднённые последовательности тРНК с комплементарными антикодонами имеют комплементарные антикодоновые ветви и частично Т-ветви. Этот факт означает, что древние тРНК с комплементарными антикодонами кодировались на одной двойной цепи РНК на комплементарных цепях. | |
| 02.01.2011 | Верхняя половина тРНК более древняя. Протокодоны и первые аминокислоты в древнем пептидном синтезе. LUCA Статья посвящена анализу эволюции тРНК на самых ранних стадиях формирования кодируемого пептидного синтеза. Показано, что вернхняя половина тРНК более древняя; самые первые тРНК могли содержать протокодоны в акцепторном стебле, кодирующие самые первые аминокислоты - глицин, аланин, валин и глутаминовую кислоту. | |
| 28.12.2010 | Транспортные РНК как молекулярные реликты LUCA Во всех современных организмах транспортные РНК (тРНК) - один из центральных участников в синтезе белка. Транспортные РНК - одна из самых древних структур, которые возникли на самых начальных этапах эволюции жизни и в значительной степени сохранили информацию о древней жизни. Такого рода ультраконсервативные структуры относят к так называемым молекулярным реликтам. | |
| 27.12.2010 | Биохимическая (коэволюционная) модель эволюции генетического кода LUCA Предложенная модель эволюции генетического кода предсказывает последовательность включения аминокислот код на средних и поздних стадиях своего формирования. Данная модель объясняет целый ряд свойств современного универсального генетического кода. | |
| 27.12.2010 | Свойства генетического кода - след его возникновения. LUCA Универсальный генетический код всех живых организмов почти не менялся на протяжении более, чем 3,5 млрд. лет после момента его окончательного формирования. Значит, его структура несёт след его возникновения. В связи с этим представляет интерес анализ различных особенностей генетического кода, которые могут дать ключ к пониманию его ранней эволюции. Данная статья является вступительной для серии автопубликаций, посвященных возникновению генетического кода, и с неё лучше всего начинать знакомство с этой темы. | |
| 25.12.2010 | Кодазы помогают понять, как возник генетический код. LUCA Кодазы (или АРСазы) осуществляют фактически кодирование синтеза белка по РНК-матрице. Оказалось, что все АРСазы можно разбить на две группы, каждая из который разбивается на три подгруппы, симметричные относительно каждого класса. Этот факт может быть объяснён тем, что древние кодазы связывались с тРНК парами. Современные АРСазы из симметричных подклассов потенциально способны свзязываться с одной и той же молекулой тРНК так, что связывание АРСазы из одного класса НЕ ПРЕПЯТСТВУЕТ связыванию АРСазы из другого класса, но симметричного подкласса. На ранних этапах комплексы, состоящие из пар АРСаз, могли аминоацилировать РНК, используя неточно для синтеза белка не строго определенную аминокислоту, а пул аминокислот. Эволюция таких комплексов - РНК-пара АРСаз привела сначала к формированию трёх различных видов неспецифических кодаз, каждый из которых дал начало трём симметричным подклассам кодаз. Каждому подклассу уже соответствовал свой пул аминокислот. На поздних этапах формирования генкода каждую молекулу тРНК аминоацилировала уже одна, а не две АРСазы, а каждой молекуле тРНК соответствовал всё более определённый пул аминокислот или одна аминокислота. | |
|