Для LUCA:
Естественный отбор - это процесс, в крайнем случае, способ…, но никак не движущая сила. Механизм это причинно-следственные связи, а технология это вариант (при тех или иных условиях) использования этого механизма. Не понятно утверждение о кодировании - что кого кодирует и зачем это кодирование необходимо? Тем более, что термин «сложность» отражает исключительно субъективное представление (оценку) о наблюдаемых процессах. А поэтому реплика: «Человеческий интеллект - это новая кодирующая система, обеспечившая возможность существования и дарвиновской эволюции нового типа информации, имеющую обратную связь с выживанием. Эта система намного больше по размеру, а, значит, появилась потенциальная возможность для эволюции ещё более сложных систем, в будущем НЕ СОПОПОСТАВИМЫХ ПО СЛОЖНОСТИ с живыми классическими системами», несколько настораживает. Но разве человек не является результатом того же механизма, что и другие биосистемы? По-видимому, при исследовании изменений технологий необходимо обратить внимание, что именно происходит с вариациями механизма – в каких пропорциях и фазах происходит реализация и представленная тобой работа как раз и говорит о смене технологий. И, естественно, хотелось бы уточнить, что именно послужило этой смене.



12.01.2011г. 15:12:10

автор: kak сообщение 7706

Естественный отбор - это процесс, в крайнем случае, способ, но никак не движущая сила.

Я использую классическую, то есть принятую повсеместно формулу "Естественный отбор, по Дарвину, является основной движущей силой эволюции", понимая при этом смысл словосочетания "движущая сила" как синоним слово "причина". Если ты воспринимаешь это понятие в другом ракурсе, что ж, разъясни, не исключено, что такого рода разногласия основаны лишь на разном понимании этих терминов.автор: kak сообщение №7706

Тем более, что термин «сложность» отражает исключительно субъективное представление (оценку) о наблюдаемых процессах. А поэтому реплика: «Человеческий интеллект - это новая кодирующая система, обеспечившая возможность существования и дарвиновской эволюции нового типа информации, имеющую обратную связь с выживанием. Эта система намного больше по размеру, а, значит, появилась потенциальная возможность для эволюции ещё более сложных систем, в будущем НЕ СОПОПОСТАВИМЫХ ПО СЛОЖНОСТИ с живыми классическими системами», несколько настораживает.

1) По-моему я уже раза два или три (в разных темах правда) подчёркивал внятный конкретный смысл этого понимания - информационная нагрузка. СЛОВА НЕРЕДКО УПОТРЕБЛЯЮТСЯ НЕ В ОБЩЕМ СМЫСЛЕ, А В БОЛЕЕ КОНКРЕТНОМ, О КОТОРОМ НЕ ТРУДНО ДОГАДАТЬСЯ ИЗ КОНЕТКСТА. Я выразил вполне конкретную мысль, и считаю, что употребление этого понятия здесь уместно.
Сложность может быть оценена в рамках рассмотрения. Мало того, в теории эволюции это понятие нередко внятно конкретизируется. И пояснял это конкретикой: см. мой пост в статье про наследование признаков. Так, что здесь КОНКРЕТНЫЙ подтекст. Повторю эту мысль снова. Говоря о сложности, я чётко акцентировал внимание на роли информационнуой ёмкости наследуемых признаков. Актуальность обсуждения обусловлена существованием ПРЕДЕЛА ёмкости, обусловленной при каждом типе кодирования, и тем, как эти препятствия могут быть обойдены: создание регуляторный сетей, обеспечивающих из считываемых одних и тех же генов различных комбинаций белковых последовательностей (и здесь в контексте сложность довольно легко может быть оценена как потенциальное количество различных белков!). Эпигенетическая регуляция (фактически ещё одна кодирующая система) и т.д.
Если следовать твоей логике, то получается, что биологам в чётких научных рассмотрениях неуместны такие понятия, как ПРОГРЕСС - тоже можно говорить про субъективность, (а в теории эволюции и это понятие анализируется КОЛИЧЕСТВЕННО в рамках каких-то интерпретаций и здесь это слово уместно в рамках конкретных рассмотрений - см. В.А. Бердников "Эволюция и прогресс" - фактически учебник)
Другой пример ИНТЕГРАЦИЯ - можно также говорить про субъективность восприятия, но такая критика опять же будет лишена смысла в рамках конкретного (то есть более узкого) рассмотрения.


12.01.2011г. 16:20:02

автор: kak сообщение 7706

в каких пропорциях и фазах происходит реализация и представленная тобой работа как раз и говорит о смене технологий

2) Не понятно о пропорциях чего и фазах чего говорится.

12.01.2011г. 16:14:54

Для LUCA:
Ты считаешь, что при переходе от динуклеотидного к трехнуклеотидному варианту изменилась информационная емкость, но чего? Если механизм формирования белков остался тот же, а увеличилось только их количественное разнообразие, то можно говорить только об увеличении разнообразия биосистемы в целом и об ее информационной возможности, а не об отдельных частях и их информационной емкости. Но вопрос, который меня заинтересовал, связан с причинами увеличения разнообразия технологий (в общем-то это тенденция для всей эволюции), потому как для прогноза, например, перехода на четырехнуклеотидный вариант необходимо знать условия этого перехода. И здесь плавно можно перейти к проблеме пропорций и фаз. По-видимому, все эти эволюционные изменения связаны с отношениями между элементами, из которых состоит материя и их конфигурационными особенностями. Известно, что отличие атомов различных элементов зависит от соотношения протонов и нейтронов. А функциональность полиаминокислот (белки) и других молекул зависит не только от соотношений атомов их составляющих, но и от пространственного их расположения (фазы) и внешних условий (температура, pH и т.д.). Отсюда и мой вопрос об источнике и механизме этих эволюционных изменений.


13.01.2011г. 10:06:34

автор: kak сообщение 7712

Ты считаешь, что при переходе от динуклеотидного к трехнуклеотидному варианту изменилась информационная емкость, но чего? Если механизм формирования белков остался тот же, а увеличилось только их количественное разнообразие, то можно говорить только об увеличении разнообразия биосистемы в целом и об ее информационной возможности, а не об отдельных частях и их информационной емкости.

1. Если понимать ёмкость как количество информации в единице объёма, то она безусловно увеличилась, хотя именно этот параметр и не является главным.
В чём увеличение? В том, что РНК кодирует НЕ ТОЛЬКО саму себя вместе с очень бедным пулом ферментов, но ОДНОВРЕМЕННО, кодирует и белки.
О переходе от динуклеотидного варианта к тринуклеотидному я напишу подробней. Но кратко - в динуклеотидном варианте имеется только начальный код с очень ограниченным числом кодонов (почему такое ограничение - об этом речь будет впереди). В тринуклеотидном варианте количество используемых кодонов увеличивается с 16 до 64, а число возможных смыслов (аминокислот) увеличится с одного десятка до двух.
Таким образом увеличивается число возможных комбинаций в кодировании.
2. Главное здесь другое. Попробую максимально чётко сформулировать проблему.
ЖС (здесь и далее в обсуждения обозначает живие системы) отбираются отбором преимущественно те, которые лучше приспособлены и способны давать большее количество жизнеспособных копий. Но приспособленность напрямую зависит от их уровня сложности: конкретно в данном случае это означает их способность стабильно кодировать и воспроизводить максимально возможное количество разных ферментов. Количество разных ферментов - это параметр, определяющий способность расширить метаболические пути, которые контролировались бы информационной матрицей.
Расширение метаболических путей - путь к увеличению приспособленности, поскольку под контроль ЖС попадает всё большее количество вешеств и всё более расширяется. спектр возможных ресурсов, которые может использовать ЖС.
Но здесь возникает КРИТИЧЕСКАЯ ПРОБЛЕМА. Дело в том, что для каждой кодирующей системы есть ПРЕДЕЛ ТОГО КОЛИЧЕСТВА ИНФОРМАЦИИ, который ЖС могли бы СТАБИЛЬНО КОПИРОВАТЬ. Почему он существует? Из за ошибок копирования (шума).
Если бы РНК-вирусы имели длину больше 10000 нуклеотидов, то КАЖДОЕ ИХ ПОТОМСТВО БЫЛО БЫ ЛЕТАЛЬНЫМ. Имеется в виду длина (то есть количество информации) только для той части генома, которая окзалась бы критической. У ДНК-организмов критический предел информации НА 5 И БОЛЬШЕ ПОРЯДКОВ БОЛЬШЕ, так как они используют ДРУГУЮ КОДИРУЮЩУЮ СИСТЕМУ.
Думаю, что этот предел для любой кодирующей системы, в том числе и для человеческого мозга - очень важная величина.автор: LUCA сообщение №7709

А функциональность полиаминокислот (белки) и других молекул зависит не только от соотношений атомов их составляющих, но и от пространственного их расположения (фазы) и внешних условий (температура, pH и т.д.).

Переход от чистого кода РНК к коду РНК-белок действительно повысил на несколько порядков функциональное разнообразие. РНК - довольно бедные ферменты, даже в совокупности с кофакторами. Важно понять, что ПОТЕНЦИАЛЬНОЕ разнообразие функций у белков РЕАЛЬНО ЖИВУЩИМИ ОРГАНИЗМАМИ НИКОДА НЕ ИСПОЛЬЗУЕТСЯ из-за ограничений информационного объёма генома. Само наличие белков способно повысить помехоустойчивоть записи информации (так это реально и происходит в ходе эволюции). Кодируемый пептидный синтез позволил на 2-3 порядка увеличить размер РНК-генома, а затем, на базе этого увеличения размера и сопутствующей этому увеличению возрастанию сложности (читай - контролируемого геномом химического разнообразия) позволил создать НОВУЮ КОДИРУЮЩУЮ СИСТЕМУ - ДНК.
Разум - тоже кодирующая система. Он тоже развивает технологии: здесь можно усмотреть (пусть грубые), но аналогии - новые открытия законов - позволяют вводить новые технологии, а старые - расширять спектр, по аналогии с тем, что новые аминокислоты дают возможность вводить новые функциональные свойства, а старые - комбинаторный перебор и отбор эвоюцией оптимальных комбинаций.
И разум принципиально наверно тоже может создать новые кодирующие системы.

13.01.2011г. 10:40:39

Для LUCA:
«Если понимать ёмкость как количество информации в единице объёма…» Я вот этого не понимаю, как свойство может вмещаться в объемы? Твоя мантра «код» ничего не дает для объяснения эволюционных преобразований. Все эти сравнения по количеству трехнуклеатидных «кусков» у разных биообразований не позволяют прогнозировать изменения как в филогенезе, так и в онтогенезе. Срабатывание генома во многом зависит от эпигенетических факторов, то есть от окружения и поэтому говорить об информационной емкости, а так же о «внутренней матрицы с информацией» не имеет смысла, во всяком случае при обсуждении эволюционных тенденций.


13.01.2011г. 13:49:03

автор: kak сообщение 7714

Твоя мантра «код» ничего не дает для объяснения эволюционных преобразований.

Поздравляю с новым революционным утверждением. революцией. Это уже второй (после утверждения того, что отбор не является движущей силой эвоюции) новый кардинальный взгляд на теорию эволюции.
автор: kak сообщение №7714

Все эти сравнения по количеству трехнуклеатидных «кусков» у разных биообразований не позволяют прогнозировать изменения как в филогенезе, так и в онтогенезе.

Давай не бросаться такими суждениями. Если действительно ТАК думаешь, то необходимо обосновывать почему не даёт. Тем более это удивительно что в данной случае я как раз описал это изменение, которое вправе считать ГЛАВНЫМ: возрастает

ПРЕДЕЛ ... КОЛИЧЕСТВА ИНФОРМАЦИИ

. Это именно тенденция и ключевая, поскольку обеспечивает кардинальное возрастание диапазона приспособленности и ниш обитания. Ты задаёшь вопросы про тенденции. Не трудно догадаться, что понятие "тенденции" - довольно широкое. Я излагаю то, что считаю ГЛАВНЫМ, интерпретируя это ТВОЁ понятие как могу. Если опять считаешь, что твои понятия (в данном случае "тенденция", в прошлый раз - "движущая сила") интерпретируются не в соответствии с твоими представлениями, то КОНКРЕТИЗИРУЙ эти понятия, иначе я не смогу овечать на то, что ты ПОДРАЗУМЕВАЕШЬ, но внятно не формулируешь.
Про тенденции можно говорить очень много, ключевой момент я назвал, и ОБОСНОВАЛ, почему он ключевой. Если не согласен - аргументы в студию.
Теперь о фразе "не позволяют прогнозировать". Как раз позволяют прогнозировать. Нетрудно догадаться, что к прогнозам относятся:
1) Замена старых низкоэффективных ферментов новыми более эффективными (в разных смыслах этого понимания: скорость, энергоёмкость и т.п.).
2) Создание принципиально новых видов ферментативной активности, а, значит, расширение метаболической сети (настолько, насколько позволяет допустимый размер значащей части генома).
3) Следующая тенденция, которую МОЖНО ВЫВЕСТИ из тех самых мантр о коде, заключается в том, что С ВОЗРАСТАНИЕМ размера кодирующей части, увеличивается необходимость также СУЖЕНИЯ круга живых систем, с которыми возможна рекомбинация. Чем сложней организм, тем более подогнаны в нём различные системы, и тем кардинальней в нём возможна перемена при случайной рекомбинации с слишком широким диапазоном ЖС. Значит, с возрастанием значащей части генома возрастает необходимость дивергенции. У бактерий эту дивергенцию нельзя назвать полной, размер значащей части генома их на 2-4 порядка меньше, чем размер значащей части генома у высших эукариот. Поэтому бактерии интенсивно используют не только внутривидовую рекомбинацию, но и рекомбинируют с широким спектром таксономических групп и способны к интенсивному захвату отдельных генов или групп генов от организмов, которые эволюционно могут быть удалены даже на миллиарды лет - тьма примеров известна. У низших эукариот скорость горизонтального обмена варьирует, но она минимальна у высших эукариот, то есть у них - более эффективная изоляция.
4) Усовершенствования способов стабильной передачи информации предкам через "сверку" с аналогичными геномами - от простой случайной рекомбинации геномов, до ограничения рекомбинации внутривидовой - это как раз тенденция и она как раз объясняется необходимость увеличивать размер значащей части генома. Половой процесс произошёл независимо в разных филогенетических группах, что говорит именно о тенденции, а необходимость этого для больших геномов, КАК РАЗ ВЫТЕКАЕТ, из моего рассмотрения.
5) Далеко не последняя тенденция. Горизонтальный обмен генов с одной стороны теряет свою эффективность у высших эукариот, которые устроены намного СЛОЖНЕЕ, по сравнению с низшими эукариотами и бактериями. Но с другой стороны этот обмен - способ БЫСТРОГО приобретения новых эволюционных изобретений - природа ведь не "любит" изобретать велосипед по многу раз. Одна бактерия создала свою новую эффективную ферментную систему, а потом её изобретение быстро распространилось на другие группы. Как отсутствие этого компенсируют эукариоты. ОНИ ЭТО ДЕЛАЮТ С ПОМОЩЬЮ СИБМИОЗА - как внутриклеточного - вспомните митохондрии, хлоропласты, вольбахию - всё это внутриклеточные обитатели, так и внутриорганизменного - человек содержит 2-3 кг бактерий, значительная часть которых является необходимыми симбионтами, так и МЕЖОРГАНИЗМЕННЫМИ - ризосфера растений, например, без которой растения - не конкуренты тем, кто её имеет.

Как видишь, про тенденции можно говорить ОЧЕНЬ МНОГО, в зависимости от интерпретации этого понятия.
Поняв, что тебя интересуют АНАЛОГИИ с техническими системами, я попытался в меру своего понимания эту аналогию провести в свете той тенднеции, которую принял за ключевую. Конечно можно продолжить аналоги - выявить, что представляет собой аналог рекомбинации для сообществ людей (здесь может быть немало примеров) Но если интересуют какие-то ДРУГИЕ аспекты тенденций, давай обсудим.


13.01.2011г. 16:53:32

Для LUCA:
Еще одна попытка. Справка: Код — правило (алгоритм) сопоставления каждому конкретному сообщению строго определённой комбинации символов (знаков) (или сигналов). Кодом также называется отдельная комбинация таких символов (знаков) — слово.
Генетический код, для КОГО он, кто его составляет/читает? И в каких единицах, знаках он измеряется?


14.01.2011г. 6:51:18

Моя цель - создать по возможности понятную картину. В данной статье предполагаются в наличии альфа-кетокислоты, необходимые для синтеза аминокислот, то есть наличие уже некоторого метаболизма. Эволюцию ГК невозможно рассматривать в отрыве от эволюции метаболизма. Чтобы придать излагаемой картине некую целостность. планирую в ближайшее время изложить происхожение метаболизма. В качестве первого метаболического цикла будет рассматриваться аналог восстановительного цикла трикарбоновых кислот. Для удобства восприятия информации сначала в отдельной статье покажу центральную роль цикла трикарбоновых кислот (обычного и восстановительного) в синтезе аминокислот и нуклеотидов, а также в утилизации энергии, то есть внятно введу в курс дела, а во второй статье покажу, как этот цикл мог возникнуть на основе геохимических циклов.

Далее вернусь опять к генетическому коду, рассмотрю как мог выглядеть уже наиболее древний кодируемый синтез.
На основе этого материала изложу свою гипотезу, как в наиболее древних системах могли использоваться разные оптические изомеры (гипотеза возникновения клеточной стенки) - мне показалось она остроумной.

Затем какой ароморфоз ГК претерпел с появлением метионинового стартового кодона, и, наконец, вернусь к рассмотрению АРСаз - будут показаны и проанализированы ещё несколько интересных свойств ГК и интерпретация их появления на поздних стадиях развития. Вот такая примерно схема получится.
Ну и будет обобщающая статья-гид, где воедино свяжется излагаемый материал.

11.01.2011г. 14:52:09

Для LUCA:
Это печально: «В живых системах выделяется несколько кодовых систем, они так и называются биологические кодовые системы». Кодовых систем вне субъекта (наблюдатель) не существует, кодовая система не более чем некая удобная абстракция для определенного уровня общения (между субъектами), в пределах оговоренной предметной области. Все, что ты в этой теме написал, есть некоторое предположение о технологии преобразования в филогенезе (уровень биохимии). К сожалению, я так и не увидел ответов на свои вопросы:
а) сила, которая формирует эволюционное движение (источник, механизм);
б) в каких единицах происходит измерения в биологических кодовых системах.
По-видимому, и не увижу.
PS. Так же как в геноме нет информации, так и в нервной системе нет интеллекта. Информация и интеллект это свойства субъектов (за счет динамических структурных перестроек – структурные проекции) отражать изменения своих границ.

16.01.2011г. 12:27:43