Список всех тем
Молекулярная биология
07.02.2016Шампунь и кондиционер в одном флаконе (к вопросу о первых метаболических цепочках живых организмов)
В статье описываются возможные метаболические цепочки фиксации углерода, запасения энергии и синтеза углеводородов и жирных кислот у первых живых организмов.
26.09.2015Происхождение эукариот. Дополнение к первой части.
Дополнение к первой статье данного цикла на основе последних данных.
02.04.2015Возможный сценарий происхождения жизни от органического бульона до современной клетки. Часть 3.
В третьей части цикла статей на данную тему рассматривается гипотеза о происхождении жизни на основе принципа наименьшего действия и абиогенного химического цикла синтеза уксусной кислоты из угарного газа и водорода.
27.11.2014Происхождение эукариот. Часть вторая - кто-кто в теремочке живёт?
Это вторая часть статьи, в которой излагаются мысли автора о возможном сценарии происхождения эукариот.
02.09.2014Происхождение эукариот. Часть первая - спорулирующие бактерии.
В статье на основе анализа секвенированных к настоящему времени геномов эукариот выдвигается гипотеза о том, что их последний общий предок (LECA) мог иметь признаки, сближающие его с микроспоридиями и споровиками, а в появлении эукариот на сцене эволюции важную роль играли спорулирующие бактерии.
14.07.2014Возможный сценарий происхождения жизни от органического бульона до современной клетки. Часть вторая.
Это вторая часть научно-популярной статьи о современном состоянии исследований в области происхождения жизни в авторской интерпретации.
19.06.2013Возможный сценарий происхождения жизни от органического бульона до современной клетки. Часть первая.
В статье на основе научных публикаций последнего времени и принципа эволюционного консерватизма излагается авторская гипотеза происхождения жизни.
07.07.2012Моя маленькая нитрогеназиана
В статье описывается гипотеза происхождения нитрогеназы как следствие горизонтального переноса соответствующего кластера генов от архей к другим бактериям посредством невирулентных бактериофагов.
18.04.2012Тайна Евангелия от Луки или последнее дело Холмса
В статье исследуются возможные свойства генома последнего общего предка всех земных организмов
07.01.2012Первые варианты генетического кода
В статье приводится модель первых вариантов кодируемого пептидного синтеза. Данная модель учитывает широкий спектр данных: наличие наиболее простых в биохимическом отношении аминокислот, возможность абиогенного синтеза этих аминокислот, статистические данные полуконсервативных и консервативных мотивов тРНК, возможность кодирования белков на комплементарных цепях РНК, защита от сдвига рамки считывания, GC-богатость последовательностей РНК.
05.01.2012Размеры геномов в РНКовом мире и мутационный фон.
Описываются причины ограниченности размера геномов в мире РНК. Предполагается, что предельный размер значащей части генома в РНК и РНК-белковом мире был недостаточен для обеспечения всех метаболических реакций белковыми и РНК-ферментами. Рассматриваются способы, которыми в РНК-мире стало возможным увеличить значащую часть генома. Существенную информацию по этому вопросу дают нам современные РНК-вирусы.
05.10.2011Листая старую тетрадь, или что может слепой часовщик
В статье предлогается гипотеза происхождения хлорофилльного фотосинтеза в результате многочисленных актов горизонтального переноса вирусами соответствующих генов между различными группами бактерий.
03.05.2011Об одной странной температурной закономерности
Странным образом большинство ферментов живых организмов работают лучше всего при двух температурах - 37 и 55 градусов цельсия. Эта двухпиковость температурного оптимума характерна для различных групп живых организмов, независимо от их температурного оптимума их проживания.
29.04.2011Как мог выглядеть архаичный метаболизм?
Проведён сравнительный анализ моделей, рассматривающих первые архаичные пути фиксации углерода
17.03.2011Минеральные корни современных ферментов.
В рамках гипотезы происхожения активного центра многих древних ферментов из минеральных предшественников рассматривается и анализируется структура современных неорганических металл-серных компонентов современных ферментов. Макинавит ([Fe>>Ni)S]), грейгит (NiS2[Fe4S4]S2Fe), виоларит и другие минералы, были связаны простейшими органическими лиганднами (например, тиолами) и обеспечили катализ ключевых реакций архаичного метаболизма. На более поздних стадиях простые органические лиганды были заменены пептидами.
27.02.2011Что было первым: метаболизм или ген? Могла ли жизнь начаться как циклическая химическая реакция неполимерных молекул?
Данная статья во многом разъясняет идеологию ряда моих автопубликаций, посвящённых наиболее ранним этапам возникновения жизни. Противопоставляются две основные модели: 1) первичности реплицирующейся полимерной молекулы (гена), возникшей в условиях первичного бульона; 2) первичности автотрофных автокаталитических сетей реакций малых органических молекул, катализируемых минералами и самими малыми органическими молекулами в условиях отсутствия богатого органическими веществами первичного бульона. Важнейшим утверждением, носящим гипотетический характер, является постулирование того, что система "рибонуклеотидные автокаталитические сети", включавшая древний прообраз восстановительного цикла трикарбоновых кислот и (или) фиксацию через древний прообраз ацетил-коэнзим А пути, представляла собой древнейшую живую систему, которая предшествовала появлению кодируемого пептидного синтеза. Переход к полимерному РНК-геному проходил через стадию олигорубонуклеотидного мира, в котором рибонуклеотидные кофакторы и очень короткие цепочки РНК (предположительно ди- и триммеры) играли ключевую роль в метаболических сетях как катализаторы и ключевые компоненты «конформационного генома».
27.02.2011Статья-гид по происхождению жизни
Данная статья имеет цель упорядочить все мои публикации, посвящённые происхождению жизни и кратко резюмировать основные положения, связанные с данным вопросом.
23.02.2011Автотрофное термофильное происхождение жизни.
В гидротермальных источниках (в первую очередь щелочных белых курильщиках) в древнем океане, как и в настоящее время, существует очень крутой температурный, химический и электрохимический градиенты, которые могли стать движущей силой первых метаболических цилков способных к связыванию диоксида углерода. Поровые железо-серные структуры в щелочных гидротермах могли служить первыми мембранами, ограничивающими циклические реакции, и выполнявшими каталитические функции по превращению веществ в этих первых ЖС, и поддержанию и преобразованию электрохимического градиента между кислым океаном и щелочными флюидами, ставшего одним из первых непосредственных источников энергии. Проанализированы известные реакции, протекающие в щелочных гидротемах и возможность их превращения в эволюционирующие метаболические сети.
22.01.2011Самое обоснованное утверждение, касающееся происхождения жизни - первичность молекул РНК по отношению к ДНК и сложным белкам
В статье суммированы основные известные автору доводы в пользу того, что полимерные молекулы РНК в живых системах возникли до возникновения молекул ДНК и кодируемого пептидного синтеза по крайней мере в современном его варианте.
13.01.2011Реликтовые составляющие современного метаболизма. С чего он мог начаться?
Проанализирована блочная схема современного метаболизма, в которой вычленены предположительно наиболее древние части.
08.01.2011Древний дублетный генетический код был предопределён путями синтеза аминокислот
В генетическом коде кодоны с общим первым нуклеотидом кодируют аминокислоты со сходными путями биосинтеза, а с общим вторым нуклеотидом - сходны по гидрофильности-гидрофобности. Этот поразительный факт может быть объяснён моделью биосинтеза древних аминокислот с помощью динуклеотидных катализаторов. Данная модель также объясняет возможность специфического безбелкового аминоацилирования древних тРНК.
06.01.2011Молекулярные механизмы обеспечения вырожденности кода.
Кратко описаны молекулярные механизмы обеспечения вырожденности генетического кода. Показано, что без модифицированных оснований существующий порядок вырожденности не мог быть обеспечен, что подчёрнкивает важность такого рода оснований на средних и поздних стадиях формирования ГК. Показано, что только кодоны, заканчивающиеся на G, могут быть уникальными, то есть не кодировать эту же аминокислоту при изменении окончания кодона.
06.01.2011Правило Лагерквиста. Физико-химическое обоснование симметрий и соотношений Румера.
Сформулировано правило Лагерквиста, из которого вытекают симметрии и соотношения Румера. Показано, что выполнение правила Лагерквиста обеспечивается особыми взаимодействиями второго основания кодон-антикодоновой пары, приводящее к стабилизации взаимодействия тРНК с мРНК.
02.01.2011Древние тРНК с комплементарными антикодонами кодировались комллементарными РНК-парами.
Усреднённые последовательности тРНК с комплементарными антикодонами имеют комплементарные антикодоновые ветви и частично Т-ветви. Этот факт означает, что древние тРНК с комплементарными антикодонами кодировались на одной двойной цепи РНК на комплементарных цепях.
02.01.2011Верхняя половина тРНК более древняя. Протокодоны и первые аминокислоты в древнем пептидном синтезе.
Статья посвящена анализу эволюции тРНК на самых ранних стадиях формирования кодируемого пептидного синтеза. Показано, что вернхняя половина тРНК более древняя; самые первые тРНК могли содержать протокодоны в акцепторном стебле, кодирующие самые первые аминокислоты - глицин, аланин, валин и глутаминовую кислоту.
28.12.2010Транспортные РНК как молекулярные реликты
Во всех современных организмах транспортные РНК (тРНК) - один из центральных участников в синтезе белка. Транспортные РНК - одна из самых древних структур, которые возникли на самых начальных этапах эволюции жизни и в значительной степени сохранили информацию о древней жизни. Такого рода ультраконсервативные структуры относят к так называемым молекулярным реликтам.
27.12.2010Биохимическая (коэволюционная) модель эволюции генетического кода
Предложенная модель эволюции генетического кода предсказывает последовательность включения аминокислот код на средних и поздних стадиях своего формирования. Данная модель объясняет целый ряд свойств современного универсального генетического кода.
27.12.2010Свойства генетического кода - след его возникновения.
Универсальный генетический код всех живых организмов почти не менялся на протяжении более, чем 3,5 млрд. лет после момента его окончательного формирования. Значит, его структура несёт след его возникновения. В связи с этим представляет интерес анализ различных особенностей генетического кода, которые могут дать ключ к пониманию его ранней эволюции. Данная статья является вступительной для серии автопубликаций, посвященных возникновению генетического кода, и с неё лучше всего начинать знакомство с этой темы.
25.12.2010Кодазы помогают понять, как возник генетический код.
Кодазы (или АРСазы) осуществляют фактически кодирование синтеза белка по РНК-матрице. Оказалось, что все АРСазы можно разбить на две группы, каждая из который разбивается на три подгруппы, симметричные относительно каждого класса. Этот факт может быть объяснён тем, что древние кодазы связывались с тРНК парами. Современные АРСазы из симметричных подклассов потенциально способны свзязываться с одной и той же молекулой тРНК так, что связывание АРСазы из одного класса НЕ ПРЕПЯТСТВУЕТ связыванию АРСазы из другого класса, но симметричного подкласса. На ранних этапах комплексы, состоящие из пар АРСаз, могли аминоацилировать РНК, используя неточно для синтеза белка не строго определенную аминокислоту, а пул аминокислот. Эволюция таких комплексов - РНК-пара АРСаз привела сначала к формированию трёх различных видов неспецифических кодаз, каждый из которых дал начало трём симметричным подклассам кодаз. Каждому подклассу уже соответствовал свой пул аминокислот. На поздних этапах формирования генкода каждую молекулу тРНК аминоацилировала уже одна, а не две АРСазы, а каждой молекуле тРНК соответствовал всё более определённый пул аминокислот или одна аминокислота.

Вернуться к темам
Яндекс.Метрика
Обсуждение Еще не было обсуждений.
   
 посетителейзаходов
сегодня:00
вчера:11
Всего:4969