Сайт Форнит использует сервер с системой линукс и для выдачи страниц - аппаче. Но никакие элементы страниц на сервере никогда не работают, она там только формируются. Так что сказанное уже, тем самым, некорректно. Выдать страницу, в которой будет поддержка распространенного формата swf любой сервер должен быть способен, тем более, что вы в статьях используете самый обычный вызов объекта, который поддерживается вовсе не сервером, а браузером пользователя, т.е. клиентской частью:

<object id="<font class='thesaurus' title='Определение - по щелчку' onclick=show_dic_word('%F2%E5%EE%F0',event)>Теор</font>ема об изохронном тахионе" width="500" height="400" align="middle" data="/theory_publisher/art_pic/535/tachyon.swf" type="application/x-shockwave-flash"><param name="quality" value="high" /><param name="play" value="true" /><param name="loop" value="true" /><param name="wmode" value="window" /><param name="scale" value="showall" /><param name="menu" value="true" /><param name="devicefont" value="false" /><param name="salign" value="" /><param name="allowAccess" value="sameDomain" /><param name="src" value="/theory_publisher/art_pic/535/tachyon.swf" /><img src="http://www.scorcher.ru/direct_edit/themes/advanced/img/trans.gif" class="mceItemMedia mceItemFlash" width="75" height="60" data-mce-json="" alt="" /></object>