>>на сайте много психологии и мало физиологии.
Множество статей - боковые ветки от центральной модели, которая описана в Основы адаптологии (есть более легкая версия). Так что без общего контекста отдельные утверждения будут казаться недообоснованными (хотя, наверняка есть и в самом деле недостаточно корректно обоснованное). Вот с этого и стоит начать знакомство, иначе остается только доверять сказанному.
>> в статье о периодизации первый этап формирования доверия начинается в момент рождения, когда о психике и речи быть не может. Поэтому можно вполне обоснованно предположить что вера строго физиологический акт формируемый при внутриутробном развитии. Что же за конфликт существует в новорожденном мозге, что для его разрешения потребовалась вера?
С рождения не может быть еще доверия или веры именно потому, что это - психические явления, субъективное отношение. С рождения есть беспомощность и следование навязываемым условиям. Чуть позже появляется основа для подражания, еще также без осознания, но уже с возможностью ассоциации оценки насколько хорошо или плохо случившееся (Гомеостаз и Система значимости). Формируются первые образы восприятия, связанный с их значимостью в данных условиях, а это - уже ассоциативные зоны. Появляются признаки, сильно наследственно предрасположенные - доверять себя мамочке и не доверять некрасивому дядьке. С формированием ассоциативных зон префронтальной лобной коры и появлению возможности удержания образов за счет зацикливания через гиппокамп - основа субъективного мышления и произвольного выбора, возникает более высокоуровневое отношение - кому можно и нужно верить, а кому - нет. Это - пик периода доверчивого обучения, когда перенимаются основы жизненного опыта родителей. И только потом начинается игровой период инициативы и преступления внедренных авторитарно табу. Вот - очень коротко то, что можно вполне целостно и детализовано проследить в описании модели.
>>Выскажу гипотезу, что проблема имеет место в сегментации ЦНС на стыке древних и современных разделов и обозначу её как "непрозрачность преобразований сигналов НС для ВНС".
Вот и это, видимо, поверхностная часть какой-то модели, с которой было бы интересно ознакомиться подробно.