>>использовать биосинтетически куда более удобные L-аминокислоты

а в чем именно их преимущество в условиях, когда только начала формироваться первые белки? В химическом отношении они равноценны и, возможно, по какой-то причине, м.б. даже случайного характера, в избытке начали оказываться левовращающие изомеры, а самые первые из правовращающих не оказывали летального воздействия на окружающее, поэтому до какого-то времени могли сосуществовать с L.

Популярный обзор по вопросу >>

насколько это универсально? Учитывая: "плесневый гриб пенициллиум, развиваясь в среде из виноградной кислоты, "поедает" лишь ее правовращающий изомер, а в среде из молочной кислоты - левовращающий (на этом, кстати, основан один из методов разделения оптических изомеров)" из популярного обзора по вопросу >>

>>В окружающей среде, как правило, Д-аминокислот или очень мало, или просто нет. А бактерии приходится их синтезировать.

В окружающей среде аминокислоты продуцируются в основном биологически, т.е. то, что их почти нет, мне кажется, - результат уже возникшего отбора. А если аминокислота возникает в природных химических реакциях, ну там удар молнии в водный раствор в какой-то луже или еще как-то, то - в виде рацемата ее изомеров 50:50. Т.е. это - вроде бы не довод в рассуждении о первопричинах.

>>Ситуация напоминает рибонуклеотидные кофакторы, в которых нуклеотидная часть НЕ ПРИНИМАЕТ участия в реакциях, но зачем-то существует как лишний хвост...

Примеров явной нецелесообразности в природных реализациях - сколько угодно на любых уровнях. Вот нафига сначала из яйца появляется червяк, наедается, потом очень не простым способом сворачивается в куколку и трансформируется в бабочку? Наверняка можно бы придумать намного "более дешёвый способ образования" даже более выживаемого вида. Но все происходит согласно графика эволюционного развития с преодолением множества трудностей.

А вот если начинает воздействовать фактор или биоконкурент, который для данной несуразности делает ее несовместимой с благополучием вида при таких условиях, и находится мутация-вариант с решением несуразностей, то она изживается. В противном случае ничто не мешает продолжать существовать сколь угодно абсурдной, с нашей точки зрения наблюдателей, реализацией.

Можно, конечно, задаться целью понять, а почему именно вот так все пошло, но это напоминает попытки понять, а почему фишки в данном броске вот так разложились? Конечно, фишка развития многообразия видов уже выпала, и ее значение таково, что возникает желание проследить на каждом этапе, что и как повлияло на это. Но подходить тут стоит без задачи себе понять какую цель, какой выигрыш этот шаг продвинул. Его мог породить и вообще безвыигрышный с чей-то колокольни расклад обстоятельств, который и порождает дикое разнообразия реализаций и их взаимных существований. И где-то как-то вдруг это иногда начинает играть на пользу, давая преимущество.

Ну, я примерно, в принципе какое-то такое "объяснение" и имел в иду: "Нуклеотидные кофакторы следует отнести к молекулярным ископаемым: эти вещества оказались «привязанными» к большому количеству ферментативных реакций, и поэтому не могут быть элиминированы естественным отбором." И то, что случилось ранее может и порождать повсеместность: "Если о заведомо ПОВСЕМЕСТНЫХ - это несколько иное."

В общем, я начал задавать вопросы потому, что мой интерес несколько зацепило твое первое сообщение, а по ходу говорил только, высказывая свое мнение без особой надежды, что специалисту оно может пригодится (давно уже знаю, как это маловероятно :) но в надежде, раз уж говорим открыто, хоть немного сделать это зацепившее более популярным для других.. Так что спасибо и сорри если не слишком удачно :)