Представлена амигдалой (в амигдале есть нейроны, которые реагируют на свет, но она не относится к собственно зрительной сенсорной системе), верхним двухолмием,  а также латеральными коленчатыми телами. Роль подкорковой части:

• Реакция на опасность и эмоциональные стимулы (бессознательная реакция)
• Управление шириной зрачка
• Регуляция циркадных ритмов (воздействие на супрахиазматические и другие ядра гипоталамуса)

Подкорковые структуры, отвечающие за бессознательную реакцию, прямо или косвенно, влияют на корковые структуры.

Модуляция подкорковыми структурами корковых. Источник: журнал nature. Зеленым цветом выделены базальные ганглии. Синим: участки мозга, ответственные за зрение. Желтым ядра ствола мозга. Красным: корковые центры эмоций.